2041 год. В результате масштабных прорывов в области кибернетики люди получили возможность заменять собственные конечности на роботизированные протезы. Майор Мотоко Кусанаги, сотрудница 9-го отдела службы безопасности, занимается расследованием деятельности загадочного хакера, известного под именем Кукловод.
В ходе операции она сталкивается с серией сложных киберинцидентов, которые бросают вызов её профессиональным навыкам. Майору Кусанаги предстоит раскрыть истинные мотивы и личность этого таинственного преступника, чьи действия угрожают безопасности всего города.